Le traitement initial nécessite la mise en place d'une canule oropharyngée. Le traitement chirurgical, soit la réimperméabilisation par voie endonasale sous contrôle vidéo, demeure le traitement définitif. La chirurgie peut être réalisée très précocement en cas d'atrésie bilatérale ou différée dans le temps en cas d'atrésie unilatérale. Toutefois, de nouvelles sténoses (rétrécissements) après chirurgie initiale sont fréquentes et exigeront une nouvelle intervention chirurgicale ou une dilatation de l'ouverture créée chirurgicalement.