Les gaz intestinaux sont un phénomène normal de la digestion des aliments. Ils se forment lorsque les bactéries présentes dans le côlon s'attaquent aux substances que l'estomac et l'intestin grêle n'ont pas digérées. On estime qu'une personne normale expulse environ 14 gaz par jour.

Les aliments sont normalement digérés dans l'estomac et l'intestin grêle après quoi ils atteignent le gros intestin qui en absorbera l'eau et les sels minéraux. Cependant, certains hydrates de carbone (sucre, amidon et fibres) ne sont pas digérés par l'estomac faute d'enzymes nécessaires à leur assimilation. Lorsqu'ils atteignent le côlon, pratiquement intacts, ils sont attaqués par les bactéries normalement présentes dans cette partie de l'intestin. L'action des bactéries sur ces hydrates de carbone produit différents gaz, comme l'hydrogène et le méthane, qui sont expulsés par le rectum. L'intestin contient aussi des bactéries qui peuvent détruire l'hydrogène que d'autres produisent. L'équilibre entre ces deux types de bactéries peut varier d'un individu à l'autre. C'est pourquoi certaines personnes ont plus de flatulences.