La migraine sans aura, la plus fréquente, se caractérise pas une céphalée (mal de tête) unilatérale, le plus souvent localisée dans la région temporale ou sus-orbitaire. Elle peut aussi être diffuse. Elle apparaît rapidement, voire même de manière explosive. Elle est pulsatile et augmente avec l'effort physique ou de concentration. La douleur est d'intensité modérée à sévère. La crise de migraine est souvent accompagnée de nausées et vomissements, d'intolérance à la lumière (photophobie) ou au bruit (phonophobie), ce qui amène l'individu qui en souffre à s'isoler dans un endroit calme et peu éclairé. La migraine dure en moyenne de 12 à 24 heures et la récupération est complète après la crise.

La migraine avec aura se caractérise, outre le mal de tête, par des manifestations neurologiques focalisées précédant ou accompagnant la crise. Elle apparaît de manière progressive (> 5 minutes) et dure environ une heure. L'aura visuelle prend le plus souvent la forme de scotomes scintillants (point lumineux dans une partie du champ visuel des deux yeux, persistant même les yeux fermés) mais peut aussi se manifester par une hémianopsie latérale homonyme (baisse ou perte de la vue dans une moitié du champ visuel du même côté que la migraine). L'aura sensitive peut prendre la forme de paresthésies (fourmillements, engourdissements) non douloureuses au niveau des doigts ou des lèvres.