Le radis noir est rarement consommé tel quel, car il est trop piquant. Il peut être mis à dégorger ou cuit. Pour le dégorger, râper grossièrement le radis noir ou le couper en de minces tranches ou bâtonnets, le saupoudrer de sel, bien mélanger, couvrir le bol hermétiquement car l'odeur qui se dégage est très forte; laisser le tout reposer environ une heure, rincer, bien égoutter, puis préparer selon la recette choisie.
Le radis noir dégorgé est souvent assaisonné d'échalote et de crème aigre ou mis dans les salades; il s'apprête aussi en rémoulade. Le radis noir est très décoratif lorsqu'on lui laisse sa peau.
Cuit, le radis noir a une saveur qui rappelle le rutabaga . On le met dans les soupes, les ragoûts, les omelettes et le tofu.