La préparation de l'oignon peut être une corvée car elle s'accompagne souvent de larmes causées par la rupture des cellules de l'oignon lorsqu'on le coupe; ces cellules libèrent alors des substances sulfurées qui, au contact de l'air ambiant, créent une nouvelle molécule, du sulfate d'allyle, qui irrite l'oeil. Plus l'oignon est fort, plus il pique les yeux. Divers trucs sont proposés pour empêcher de pleurer:
• utiliser un couteau bien coupant et se tenir le plus loin possible de l'oignon, donc rester debout pour le couper, diminueraient les larmes;
• refroidir l'oignon une heure au réfrigérateur ou une quinzaine de minutes au congélateur retarderait l'action de l'enzyme;
• se protéger les yeux afin qu'ils ne soient pas en contact direct avec la substance irritante;
• couper l'oignon sous un filet d'eau froide, ce qui dissout les molécules irritantes qui sont solubles à l'eau.
Afin que ses feuilles se séparent facilement, enlever complètement la partie fibreuse de la base (le plateau). Plus l'oignon est haché finement, plus il cuit rapidement mais plus il perd de saveur. Un oignon coupé perd du jus; éviter de le préparer longtemps à l'avance et de le laisser en attente sur le comptoir ou sur une surface en bois qu'il imbiberait. Pour se départir de l'odeur d'oignon sur les mains, les frotter avec du jus de citron ou du vinaigre. Il faut éviter de hacher l'oignon au robot, car il se transforme en purée.
La cuisson rend l'oignon plus sucré et lui fait perdre ses enzymes sulfurés, ce qui l'adoucit. Faire revenir brièvement l'oignon dans un peu de corps gras, en le laissant croustillant et sans le faire brunir: il aura plus de goût.