Les mûres sont fragiles, elles supportent mal la chaleur, les manipulations et le transport. Elles pourrissent rapidement et contaminent les autres aliments. Choisir des mûres fermes et brillantes. Écarter les mûres molles, ternes ou entassées, elles sont soit trop mûres soit moisies et manquent de fraîcheur.
Lorsque cela est possible, cueillir les mûres soi-même; le meilleur moment est le matin, où elles sont plus sucrées et se conservent plus longtemps.
Conservation
Les mûres sont très périssables. Éviter de les exposer au soleil et de les laisser longtemps à la température de la pièce. Réfrigérées, les mûres se conservent quelques jours. Elles se garderont plus facilement si elles ne sont pas entassées ni lavées, et si on a pris soin d'enlever les mûres abîmées. Ajouter une petite quantité de sucre aux mûres permet de les conserver un peu plus longtemps et d'atténuer le changement de couleur.
Les mûres se congèlent facilement telles quelles ou en coulis, sucrées ou non. Entières, elles perdent moins de valeur nutritive, car moins de parties sont exposées à l'air. La perte de vitamines peut cependant être limitée si l'on recouvre les mûres écrasées de jus de citron. Lorsque l'on ajoute du sucre aux mûres, veiller à diminuer la quantité de sucre dans les recettes où ces mûres sont utilisées. On peut congeler les mûres individuellement, il suffit de les étendre en une seule couche sur une plaque à biscuits, puis lorsqu'elles sont bien congelées, il ne reste plus qu'à les mettre dans un sachet hermétique. Les mûres seront meilleures si elles sont décongelées complètement avant d'être utilisées.