Le cresson se mange cru ou cuit. Le cresson de fontaine tendre et juteux est particulièrement apprécié cru. Ses feuilles fines ont un goût moutardé agréable dans les salades. Le cresson alénois possède une saveur plus piquante qui aromatise salades, sauces et sandwichs.
Il est préférable d'utiliser le cresson avec modération afin que sa saveur prononcée ne masque pas la saveur des autres aliments. Le cresson décore et assaisonne mayonnaises, trempettes, salades de pommes de terre, pâtes alimentaires et tofu. Il se cuit et s'apprête comme l'épinard. Il est excellent en purée incorporée dans les sauces, la purée de pommes de terre; on le sert aussi en potage.