On cuit la courge spaghetti au four ou à l'eau bouillante, en la laissant entière ou en la coupant en deux sur la longueur (enlever les graines logées dans la cavité centrale). Entière, la piquer à divers endroits; en moitié, placer la cavité sur le dessus. Plus la courge est mûre, plus le temps de cuisson est court. Si la courge est entière, prévoir près d'une heure de cuisson à 180°C (350°F); si elle est coupée en moitiés, de 30 à 45 min.
Pour la cuisson par ébullition, cuire la courge de 30 à 45 min si elle est entière, et environ 20 min si elle est sectionnée. Vérifier la cuisson en piquant la courge entière (elle est prête lorsqu'elle est amollie) ou en vérifiant si la chair de la courge coupée se détache facilement en filaments. Essorer la chair quelques instants si elle contient trop d'eau. Éviter une cuisson trop longue, qui rend la chair fade et molle; celle-ci est meilleure lorsqu'elle est encore croustillante.
Si l'on désire cuire la courge spaghetti au four à micro-ondes, couper la courge en deux et retirer les graines, placer chaque demie dans une assiette, la cavité sur le dessus et recouvrir d'une pellicule de plastique en relevant un des coins. Cuire chaque courge séparément à intensité élevée de 6 à 8 min, ou jusqu'à ce que la chair se sépare facilement. Retirer celle-ci et apprêter selon la recette choisie.