La partie verte de la ciboule est souvent considérée comme faisant partie des fines herbes et utilisée pour assaisonner un grand nombre de mets, aussi bien chauds que froids. Elle aromatise et décore vinaigrettes, mayonnaises, salades, trempettes, légumes, soupes, sauces, fromages, omelettes, pâtes alimentaires, tofu, poisson, fruits de mer, viande et volaille. L'ajouter en fin de cuisson afin de conserver sa saveur.
La partie blanche de la ciboule est utilisée comme l'oignon. Les feuilles vertes peuvent remplacer la ciboulette, mais en quantité moindre.